主要是通過對微生物(細菌、病毒、芽孢等病原體)的輻射損傷和破壞核酸的功能使微生物致死，從而達到消毒的目的。大家都在夸贊殺菌效果好。
　　殺菌范圍廣而迅速，處理時間短，在一定的輻射強度下一般病原微生物僅需十幾秒即可殺滅，能殺滅一些氯消毒法無法滅活的病菌，還能在一定程度上控制一些較高等的水生生物如藻類和紅蟲等；紫外線消毒是一種物理方法，它不向水中增加任何物質，沒有副作用，這是它優于氯化消毒的地方，它通常與其它物質聯合使用，常見的聯合工藝有UV+H2O2、UV+H2O2+O3、UV+TiO2，這樣，消毒效果會更好。紫外線消毒器需要考慮的地方：
(1)紫外燈的壽命
 
　　紫外線燈管是紫外線消毒裝置的核心部件，在國外的消毒系統之中推薦使用的紫外燈替換時間大約是5000h，但在很多污水處理廠中紫外燈的壽命超過了8000h，而我國國產紫外燈的壽命比較短，一般為1000-3000h。在紫外線消毒裝置的運行過程中，當燈管的紫外線強度低于2500μW/cm2時，就應該更換燈管，但由于測定紫外線強度較困難，實際上燈管的更換都以使用時間為準。計數時除將連續使用時間累積之外，還需加上每次開關燈管對燈管的損耗，一般開關一次按使用3h計算。
 
(2)石英套管結垢
 
　　一般應每3個月對石英套管清洗一次，清洗時，先用紗布蘸酒精擦洗，然后用軟布擦凈。目前，國外已經成功開發出石英套管自動清洗系統，可以采用化學和機械方法進行清洗，節省勞動力。